Аналіз клітинної локалізації РН доменa Bcr-Abl з білком USP1 та розробка програми для оцінки їх сайтів фосфорилювання

Анотація

Мета. Ця робота присвячена вивченню клітинної локалізації РН домена Bcr-Abl разом із білком USP1 та створенню зручного програмного інструмента для агрегації даних щодо сайтів фосфорилювання білків. Методи. Трансфекція клітин ссавців. Підбір праймерів для ПЛР. Флуорисцентна мікроскопія у широкому полі та STED мікроскопія. Базові підходи у створенні програм на Python. Результати. Виявлена колокалізація між USP1 та PH доменом білка Bcr-Abl. Підібрані праймери до основних доменів білка USP1. Було створено програмний інструмент phospho-aggregate. Отримано зображення внутрішньоклітинної локалізації PH домена Bcr надвисокої роздільної здатності. Висновки. Ядерна локалізація USP1 в клітинах 293T, а також точкові колокалізації USP1 з РН доменом онкобілка Bcr-Abl вказують на сильну асоціацію досліджуваних білків зі специфічними клітинними структурами. Ідентифікація цих клітинних структур може допомогти виявити біологічні функції USP1 за хронічної мієлоїдної лейкемії (ХМЛ). Програма phospho-aggregate може бути використана для спрощення аналізу та порівняння сайтів фосфорилювання білків. Субдифракційні зображення внутрішньоклітинного розподілу PH домена Bcr показують, що він кластеризується в структурах, які нагадують клатринові везикули.
Ключові слова: Bcr-Abl, USP1, PH домен, кортактин, клітинна локалізація, сайти фосфорилюванння.