Поширення родоспецифічного Alu-повтору макак AluMacYa3 у гені ортологів MGMT мавпових

  • О. В. Підпала Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Україна, 03143, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150 https://orcid.org/0000-0002-9446-1590
  • Л. Л. Лукаш Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Україна, 03143, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150 https://orcid.org/0000-0003-4522-1600
DOI: https://doi.org/10.7124/FEEO.v32.1552
Ключові слова: Cercopithecidae, ген MGMT, родоспецифічний Alu-повтор, AluMacYa3

Анотація

Мета. Простежити за поширенням та еволюцією родоспецифічного Alu-повтору макак AluMacYa3 у ортологів гена MGMT мавпових. Методи. Гомологію між нуклеотидними послідовностями визначали програмою BLAST 2.6.1. Результати пошуку та ідентифікації МГЕ здійснено за допомогою програми CENSOR. Результати. На прикладі ортологів гена MGMT мавпових показано, що родоспецифічний Alu-повтор AluMacYa3 виявлено не лише в інтронних послідовностях макак, але й у інших представників мавпових. Показано, що в його еволюційній історії переважає не делеційна деградація, як у випадку видоспецифічних Alu-повторів, а нуклеотидний поліморфізм. Висновки. Родоспецифічний Alu-повтор макак AluMacYa3 ідентифіковано у різних представників мавпових і його еволюційна історія поєднує нуклеотидний поліморфізм та делеційну деградацію послідовності.

Посилання

Sotero-Caio C. G., Platt R. N., Suh A., Ray D. A. Evolution and diversity of transposable elements in vertebrate genomes. Genome Biol. Evol. 2017. Vol. 9. P. 161–177.

Almojil D., Bourgeois Y., Falis M., Hariyani I., Wilcox J., Boissinot S. The Structural, Functional and Evolutionary Impact of Transposable Elements in Eukaryotes. Genes. 2021. Vol. 12(6). P. 918. doi: 10.3390/genes12060918.

Ullu E., Tschudi C. Alu sequences are processed 7SL RNA genes. Nature. 1984. Vol. 312(5990). P. 171–172.

Kapitonov V., Jurka J. The age of Alu subfamilies. J. Mol. Evol. 1996. Vol. 42(1). P. 59–65.

McLain A. T., Carman G. W., Fullerton M. L., Beckstrom T. O., Gensler W., Meyer T. J., Faulk C., Batzer M. A. Analysis of western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) specific Alu repeats. Mob. DNA. 2013. Vol. 4(1). P. 26. doi: 10.1186/1759-8753-4-26.

Baker J. N., Walker J. A., Vanchiere J. A., Phillippe K. R., St. Romain C. P., Gonzalez-Quiroga P., Denham M. W., Mierl J. R., Konkel M. K., Batzer M. A. Evolution of Alu subfamily structure in the Saimiri lineage of new world monkeys. Genome Biol. Evol. 2017. Vol. 9(9). P. 2365–2376. doi: 10.1093/gbe/evx172.

Konkel M. K., Walker J. A., Batzer M. A. LINEs and SINEs of primate evolution. Evol. Anthropol. 2010. Vol. 19(6). P. 236–249. doi: 10.1002/evan.20283.

Pidpala O. V., Lukash L. L. Species-specific mobile genetic elements in the gene of repair enzyme MGMT in New World monkeys. Factors in Experimental Evolution of Organisms. 2021. Vol. 28. P. 128–134. doi: 10.7124/FEEO.v28.1388

Pidpala O. V., Lukash L. L. Evolutionary history of species-specific Alu repeats on the example of the MGMT gene of Old World monkeys. Factors in Experimental Evolution of Organisms. 2022. Vol. 30. P. 126–132. doi: 10.7124/FEEO.v30.1473

Perelman P., Johnson W. E., Roos C., Seuánez H. N., Horvath J. E., Moreira M. A. M., Kessing B., Pontius J., Roelke M., Rumpler Y., Schneider M. P. C., Silva A., O’Brien S. J., Pecon-Slattery J. A Molecular Phylogeny of Living Primates. PLoS Genet. 2011. Vol. 7(3). e1001342. doi: 10.1371/journal.pgen.1001342.

Quentin Y. Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. Nucleic Acids Res. 1992. Vol. 20(13). P. 3397–3401.

Mighell A. J., Markham A. F., Robinson P. A. Alu sequences. FEBS Lett. 1997. Vol. 417(1). P. 1–5. doi: 10.1016/s0014-5793(97)01259-3.

Jurka J., Kapitonov V. V., Pavlicek A., Klonowski P., Kohany O., Walichiewicz J. Repbase Update, a database of eukaryotic repetitive elements. Cytogenet Genome Res. 2005. Vol. 110. P. 462–467. doi: 10.1159/000084979.

Raaum R. L., Sterner K. N., Noviello C. M., Stewart C. B., Disotell T. R. Catarrhine primate divergence dates estimated from complete mitochondrial genomes: concordance with fossil and nuclear DNA evidence. J. Hum. Evol. 2005. Vol. 48. P. 237–257.