Еволюційна історія видоспецифічних Alu-повторів на прикладі гена MGMT мавпових

  • О. В. Підпала Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Україна, 03680, м. Київ, вул. Акад. Заболотного, 150 https://orcid.org/0000-0002-9446-1590
  • Л. Л. Лукаш Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Україна, 03680, м. Київ, вул. Акад. Заболотного, 150 https://orcid.org/0000-0003-4522-1600
DOI: https://doi.org/10.7124/FEEO.v30.1473
Ключові слова: Cercopithecidae, ген MGMT, Alu2_OG, AluJ_Mim, Alu2_TS

Анотація

Мета. Простежити за еволюцією видоспецифічних Alu-повторів у ортологів гена MGMT мавпових. Методи. Гомологію між нуклеотидними послідовностями визначали програмою BLAST 2.6.1. Результати пошуку та ідентифікації МГЕ здійснено за допомогою програми CENSOR. Результати. На прикладі ортологів гена MGMT мавпових показано, що різні видоспецифічні Alu-повтори, які ідентифіковані у інтронних послідовностях, можуть мати різну еволюційну історію та динаміку мутаційних змін послідовностей. Відсутність досліджених видоспецифічних Alu-повторів мокроносих у гені MGMT представників довгоп’ятових і широконосих мавп та їхнє вибіркове розповсюдження у мавпових, спонукають до детальніших філогенетичних досліджень. Висновки. Еволюційна історія видоспецифічних Alu-повторів та особливості їхньої делеційної деградації мають індивідуальний характер.

Посилання

Ullu E., Tschudi C. Alu sequences are processed 7SL RNA genes. Nature. 1984. Vol. 312 (5990). P. 171–172.

Häsler J., Strub K. Alu elements as regulators of gene expression. Nucleic Acids Res. 2006. Vol. 34 (19). P. 5491–5497. doi: 10.1093/nar/gkl706.

Deininger P. Alu elements: know the SINEs. Genome Biol. 2011. Vol. 12, № 12. P. 236.

Salem A.H., Ray D.A., Xing J., Callinan P.A., Myers J.S., Hedges D.J., Garber R.K., Witherspoon D.J., Jorde L.B., Batzer M.A. Alu elements and hominid phylogenetics. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 2003. Vol. 100 (22). P. 12787–12791. doi: 10.1073/pnas.2133766100.

Schmitz, J., Noll A., Raabe C.A., Churakov G., Voss R., Kiefmann M., Rozhdestvensky T., Brosius J., Baertsch R., Clawson H., Roos C., Zimin A., Minx P., Montague M.J., Wilson R.K., Warren W.C. Genome sequence of the basal haplorrhine primate Tarsius syrichta reveals unusual insertions. Nat. Commun. 2016. Vol. 7. P. 12997. doi: 10.1038/ncomms12997.

Kapitonov V., Jurka J. The age of Alu subfamilies. J. Mol. Evol. 1996. Vol. 42 (1). P. 59–65.

McLain A.T., Carman G.W., Fullerton M.L., Beckstrom T.O., Gensler W., Meyer T.J., Faulk C., Batzer M.A. Analysis of west-ern lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) specific Alu repeats. Mob. DNA. 2013. Vol. 4 (1). P. 26. doi: 10.1186/1759-8753-4-26.

Baker J.N., Walker J.A., Vanchiere J.A., Phillippe K.R., St. Romain C.P., Gonzalez-Quiroga P., Denham M.W., Mierl J.R., Konkel M.K., Batzer M.A. Evolution of Alu subfamily structure in the Saimiri lineage of new world monkeys. Genome Biol. Evol. 2017. Vol. 9 (9). P. 2365–2376. doi: 10.1093/gbe/evx172.

Konkel M.K., Walker J.A., Batzer M.A. LINEs and SINEs of primate evolution. Evol Anthropol. 2010. Vol. 19 (6). P. 236–249. doi: 10.1002/evan.20283.

Pidpala O.V., Lukash L.L. Species-specific mobile genetic elements in the gene of repair enzyme MGMT in New World mon-keys. Factors in Experimental Evolution of Organisms. 2021. Vol. 28. P. 128–134. [in Ukrainian]

Quentin Y. Origin of the Alu family: a family of Alu-like monomers gave birth to the left and the right arms of the Alu elements. Nucleic Acids Res. 1992. Vol. 20 (13). P. 3397–3401.

Mighell A.J., Markham A.F., Robinson P.A. Alu sequences. FEBS Lett. 1997. Vol. 417 (1). P. 1–5. doi: 10.1016/s0014-5793(97)01259-3.

Sotero-Caio C.G., Platt R.N., Suh A., Ray D.A. Evolution and diversity of transposable elements in vertebrate genomes. Genome Biol. Evol. 2017. Vol. 9. P. 161–177.

Perelman P., Johnson W.E., Roos C., Seuánez H.N., Horvath J.E., Moreira M.A.M., Kessing B., Pontius J., Roelke M., Rumpler Y., Schneider M.P.C., Silva A., O'Brien S.J., Pecon-Slattery J. A Molecular Phylogeny of Living Primates. PLoS Genet. 2011. Vol. 7 (3). e1001342. doi: 10.1371/journal.pgen.1001342.

Pidpala O., Lukash L. Regulatory potential of mobile genetic elements in the human MGMT gene. J. Genet. Genomic Sci. 2018. Vol. 3. P. 008–015. doi: 10.24966/GGS-2485/100008.