ПЛР-ідентифікація бактерій роду Pectobacterium збудників м’якого гниття і в’янення огірків (Cucumis sativus) в Україні
Анотація
Мета. З метою коректної видової ідентифікації ізольованих нами Pectobacterium sp., колекційних «Erwinia toxica» штамів і типових представників окремих видів родів Pectobacterium і Dickeya було проведено ПЛР детектування окремих видоспецифічних ділянок їхнього геному. Методи. У ході досліджень було використано мікробіологічні і молекулярно-генетичні (ПЛР) методи. Результати. Ампліфіковано специфічний продукт ПЛР розміром 434 н.п. у геномі ізольованих нами Pectobacterium sp., колекційних «E. toxica» та типових P. carotovorum subsp. carotovorum УКМ B1075Т і P. atrosepticum УКМ B-1084Т штамів. Натомість ДНК-фрагмент розміром 690 н.п. був детектований виключно у геномі типового P. atrosepticum УКМ B-1084Т штаму і відсутній як у штамів збудників судинного бактеріозу огірків так і типового штаму P. carotovorum subsp. carotovorum УКМ B1075Т. Висновки. ПЛР детектування специфічних ДНК-фрагментів дозволило нам остаточно з’ясувати питання видового статусу збудника судинного бактеріозу огірків і віднести його до виду P. carotovorum.
Ключові слова: ідентифікація, збудник судинного бактеріозу огірків.
Посилання
Gvozdiak R.I., Pasichnik L.A., Yakovleva L.M., Moroz S.M., Litvinchuk O.O., Zhytkevich N.V., Hodos S.F., Butsenko L.M., Dankevich L.A., Grinnik I.V., Patty V.P. Phytopathogenic bacteria. Bacterial diseases of plants. K.: LLC "NVP" Interservis", 2011. 444 p. [in Ukrainian]
Czajkowski R., Perombelon M.C.M., Jafra S., Lojkowska E., Potrykus M., van der Wolf J.M., Sledz W. Detection, identification and differentiation of Pectobacterium and Dickeya species causing potato blackleg and tuber soft rot: a review. Annals of Applied Biology. 2015. No. 166. P. 18–38. doi: 10.1111/aab.12166.
Dankevych L.A. The identification of cucumber soft rot and wilting in Ukraine based on 16S rRNA gene sequencing analysis. Mikrobiolohichnyi zhurnal. 2018. Vol. 80, No. 2. P. 89–100. [in Ukrainian]
Dankevych L.A. Rep-PCR analysis of single agent of cucumber bacterial diseases. The Bulletin of Vavilov Society of Geneticists and Breeders of Ukraine. 2017. Vol. 15, No. 1. P. 25–31. [in Ukrainian]
Azadmanesh S., Marefat A., Azadmanesh K. Detection of Pectobacteria Causal Agents of Potato Soft Rot in North Western Provinces of Iran. J Plant Pathol Microb. 2013 Vol. 4, No.1. P. 1–6. doi: 10.4172/2157-7471.1000154.
Darrasse A., Priou S., Kotoujansky A., Bertheau Y. PCR and restriction fragment length polymorphism of a pel gene as a tool to identify Erwinia carotovora in relation of potato diseases. Applied and environmental microbiology. 1994. Vol. 60, No. 5. P. 1437–1444.
De Boer S.H., Ward L.J. PCR Detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica associated with potato tissue. Phytopathology. 1995. Vol. 85. P. 854–858.
Phokum C., Jitareerat P., Phochanachai S., Cheevadhanarak S. Detection and classification of soft rot Erwinia of vegetables in Thailand by DNA polymerase chain reaction. Acta horticulturae. 2006. Vol. 2. P. 917–925.
Yahiaoui-Zaidi R., Jouan B., Andrivon D. Biochemical and molecular diversity among Erwinia isolates from potato in Algeria. Plant Pathology. 2003. Vol. 52, No. 1. P. 2319–7706. doi: 10.1046/j.1365-3059.2003.00791.x.
Hrelias V., Le Roux A.-C., Bertheau Y., Andrivon D., Gauthier J.-P., Jouan B. Characterisation of Erwinia carotovora subspecies and detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica in potato plants, soil and water extracts with PCR-based methods. European Journal of Plant Pathology. 1998. No. 104. P. 685–699.
Prajapat R., Marwal A., Nath Jha P. Erwinia carotovora associated with potato: a critical appraisal with respect to Indian perspective. Int. J. Curr. Microbiol. App. Sci. 2013. Vol. 2, No. 10. P. 83–89.
Hyman L.J., Birch P.R.J., Dellagi A., Avrova A.O., Toth I.K. A competitive PCR-based method for the detection and quantification of Erwinia carotovora subsp.atroseptica on potato tubers. Letters in Applied Microbiology. 2000. Vol. 30. P. 330–335. doi: 10.1046/j.1472-765x.2000.00736.x.
