Формування ретроелемента L1Hs в інтроні гена MGMT людиноподібних мавп

  • О. В. Підпала
  • Л. Л. Лукаш
DOI: https://doi.org/10.7124/FEEO.v24.1126

Анотація

Мета. Проаналізувати утворення людино-специфічного L1Hs елемента в інтроні 3 гена MGMT на прикладі гоміноїдів. Методи. Результати пошуку та ідентифікації мобільних генетичних елементів здійснено за допомогою програми CENSOR. Гомологію між нуклеотидними послідовностями визначали програмою BLAST 2.6.1. Результати. Складовими кластера, де формувався L1Hs елемент у людинових, є фрагменти L1PA6 елемента, які розповсюджені у мавп Старого і Нового Світу. У гібона серед груп L1 елементів присутні представники старіших підродин (L1PB, L1MC, L1MD і L1ME), а часткову гомологію до L1Hs елемента переважно мають елементи груп, які виникли ще у геномах ссавців. Висновки. Формування людино-специфічного L1Hs елемента відбувалось упродовж еволюції гоміноїдів паралельно утворенням кластерної структури МГЕ у людинових із різних підродин LINE1-елементів, складові компоненти якого, очевидно, також задіяні в утворенні L1Hs елемента.

Ключові слова: Hominoidea, MGMT ген, інтрон 3, людино-специфічний L1Hs елемент.

Посилання

Chénais B., Caruso A., Hiard S., Casse N. The impact of transposable elements on eukaryotic genomes: from genome size increase to genetic adaptation to stressful environments. Gene. 2012. Vol. 509, No 1. P. 7–15. doi: 10.1016/j.gene.2012.07.042.

International Human Genome Sequencing Consortium: Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001. Vol. 409, No 6822. P. 860–921.

de Koning A.P., Gu W., Castoe T.A., Batzer M.A., Pollock D.D. Repetitive elements may comprise over two-thirds of the human genome. PLoS Genet. 2011. Vol. 7, No 12. e1002384. doi: 10.1371/journal.pgen.1002384.

Mills R.E., Bennett E.A., Iskow R.C., Devine S.E. Which transposable elements are active in the human genome? Trends Genet. 2007. Vol. 23, No 4. P. 183–191.

Brouha B., Schustak J., Badge R.M., Lutz-Prigge S., Farley A.H., Moran J.V., Kazazian H.H. Jr. Hot L1s account for the bulk of retrotransposition in the human population. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. Vol. 100, No 9. P. 5280–5285.

Skowronski J., Fanning T.G., Singer M.F. Unit-length line-1 transcripts in human teratocarcinoma cells. Mol. Cell. Biol. 1988. Vol. 8, No 4. P. 1385–1397.

Kaina B., Christmann M., Naumann S., Roos W.P. MGMT: key node in the battle against genotoxicity, carcinogenicity and apoptosis induced by alkylating agents. DNA Repair (Amst). 2007. Vol. 8, No 8. Р. 1079–1099. doi: 10.1016/j.dnarep.2007.03.008.

Pidpala O., Lukash L. Regulatory potential of mobile genetic elements in the human MGMT gene. J. Genet. Genomic Sci. 2018. Vol. 3. P. 008–015. doi: 10.24966/GGS-2485/100008.

Sotero-Caio C.G., Platt R.N., Suh A., Ray D.A. Evolution and diversity of transposable elements in vertebrate genomes. Ge-nome Biol. Evol. 2017. Vol. 9. P. 161–177. doi: 10.1093/gbe/evw264.

Kazazian H.H. Jr., Moran J.V. The impact of L1 retrotransposons on the human genome. Nat. Genet. 1998. Vol. 19, No 1. P. 19–24.

Furano A.V. The biological properties and evolutionary dynamics of mammalian LINE-1 retrotransposons. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 2000. Vol. 64. P. 255–294.

Boissinot S., Chevret P., Furano A.V. L1 (LINE-1) retrotransposon evolution and amplification in recent human history. Mol. Biol. Evol. 2000. Vol. 17, No 6. P. 915–928.

Gu Z., Wang H., Nekrutenko A., Li W.H. Densities, length proportions, and other distributional features of repetitive se-quences in the human genome estimated from 430 megabases of genomic sequence. Gene. 2000. Vol. 259, No 1–2. P. 81–88.

Smit A.F., Tóth G., Riggs A.D., Jurka J. Ancestral, mammalian-wide subfamilies of LINE-1 repetitive sequences. J. Mol. Biol. 1995. Vol. 246, No 3. P. 401–417.

Cantrell M.A., Grahn R.A., Scott L., Wichman H.A. Isolation of markers from recently transposed LINE-1 retrotransposons. Biotechniques. 2000. Vol. 29, No 6. P. 1310–1316.