Закономірності розподілу бета-галактозидазних генів у хромосомах стрептоміцетів
Анотація
Мета. Виявити закономірності локалізації генів, що кодують бета-галактозидази (β-gal ген) в геномах стрептоміцетів. Методи. Аналізували генетичні карти 94 штамів стрептоміцетов, які представлені в Інтернет-базах даних сервера NCBI. Результати. Молекулярні розміри геномів штамів у вибірці становили від 6,84 М.п.н. до 12,7 М.п.н. Найбільша кількість геномів (43,7 %) у вибірці мають молекулярні розміри від 7,0 М.п.н. до 8,5 М.п.н. Як визначено, кількість β-gal генів у генетичних картах становила від 0 до 13. 61,3 % штамів містили в своїх геномах по 1 – 3 β-gal гени. Встановлено, що зазначені гени розташовані в геномах стрептоміцетів, як правило, в термінальних ділянках. 79 % вивчених β-gal генів мали молекулярні розміри 1,5 т.п.н. до 2,1 т.п.н. Висновки. Встановлено наступні закономірності локалізації β-gal генів у геномах стрептоміцетів: 1) виявлено тенденцію локалізації переважної більшості β-gal генів у термінальних ділянках геномів стрептоміцетів; 2) встановлено закономірність локалізації в коровій ділянці окремих β-gal генів як у геномах великих молекулярних розмірів, так і таких, що містять більше 8 генів; 3) у геномах стрептоміцетів містяться β-gal гени переважно розміром від 1,5 т.п.н. до 2,1 т.п.н. незалежно від молекулярних розмірів геномів і кількості β-gal генів у них.
Ключові слова: β-gal ген, геном, стрептоміцет, молекулярний розмір.
Посилання
Husain Q. Beta galactosidases and their potential applications: a review. Crit Rev Biotechnol. 2010. Vol. 30 (1). P. 41–62. doi: 10.3109/07388550903330497.
Feniksova R.V., Tikhomirova A.S., Kulikova A.N., Kuznetsov V.D. Production of beta-galactosidaseby vari-ous microorganisms. Mikrobiologiia. 1968. Vol. 37, № 6. Р. 988–992. [in Russian]
Alikkunju A.P., Sainjan N., Silvester R., Joseph A., Rahiman M., Antony A.C., Kumaran R.C., Hatha M. Screening and char-acterization of cold-active β-galactosidase producing psychrotrophic Enterobacter ludwigii from the sediments of arctic fjord. Appl Biochem Biotechnol. 2016. Vol. 180 (3). P. 477–490. doi: 10.1007/s12010-016-2111-y.
Jacob F., Monod J. Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins. J Mol Biol. 1961. Vol. 3. P. 318–356. doi: 10.1016/s0022-2836(61)80072-7.
Yaroshevskaya T.V., Ilchenko S.I., Sapa N.B., Kramarenko L.N. Correction of intestinal microbiocenosis disorders in children with irritable bowel syndrome. Sovremennaya pediatriya. 2016. Vol. 4 (76). P. 85–90. doi: 10.15574/SP.2016.76.85. [in Rus-sian]
Labeda D.P., Dunlap C.A., Rong X., Huang Y., Doroghazi J.R., Ju K.S., Metcalf W.W. Phylogenetic relationships in the fam-ily Streptomycetaceae using multi-locus sequence analysis. Antonie Van Leeuwenhoek. 2017. Vol. 110 (4). P. 563–583. doi: 10.1007/s10482-016-0824-0.
Zakharov I.A. Location of genes in chromosomes: random or not? Genetika. 2010. Vol. 46 (10). P. 1320–1328. [in Russian]
Stokes H.W., Betts P.W., Hall B.G. Sequence of the ebgA gene of Escherichia coli: comparison with the lacZ gene. Mol Biol Evol. 1985. Vol. 2 (6). Р. 469–477. doi: 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040372.
