Використання мікросателітних локусів, зчеплених з генами Е, для ідентифікації та паспортизації сортів сої

  • Д. О. Жарікова
  • О. А. Аксьонова
  • Г. О. Чеботар
  • С. В. Чеботар
DOI: https://doi.org/10.7124/FEEO.v24.1083

Анотація

Мета. Дослідити молекулярно-гене­тичний поліморфізм сортів сої, створених у різних селекційних центрах України, за локусами Satt100, Satt229, Satt319, Satt354, Satt365, Sat_038 та визначити, чи можлива диференціація, ідентифікація та паспортизація сортів на основі МС-аналізу за названими локусами. Методи. Виділення ДНК, SSR-ПЛР, електрофорез у 7% поліакриламідних гелях та на генетичному аналізаторі ABI PRISM® Genetic Analyzer 3500 (Applied Biosystems), кластерний аналіз UPGMA. Результати. Загалом детектовано 28 алелів. Найбільш поліморфним виявився локус – 6 алелів на локус. Нами не детектовано гетерозиготних рослин та гетерогенних сортів сої за локусами, які вивчали. Висновки. Всі сорти чітко диференціювалися на дендрограмі, що дозволяє запропонувати індивідуальну генетичну формулу для кожного з сортів та рекомендувати зазначені МС-локуси для використання в паспортизації та реєстрації сортів сої. Ключові слова: соя, молекулярно-генетичний поліморфізм, мікросателітні локуси.

Посилання

Superagronom.com. The main site for agronomists. AgroExpedition 2018: Relapse of love for soy. [in Ukrainian]

The Plant Comparative Genomics portal of the Department of Energy's Joint Genome Institute. JGI Phytozome 12. URL: https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!info?alias=Org_Gmax

Grant D., Nelson R.T., Cannon S.B., Shoemaker R.C. SoyBase, the USDA-ARS soybean genetics and genomics database. Nucl. Acids Res. 2010. Vol. 38 (suppl 1). D843–D846. doi: 10.1093/nar/gkp798.

Lam H.-M., Xu X., Liu X. et al. Resequencing of 31 wild and cultivated soybean genomes identifies patterns of genetic diver-sity and selection. Nature Genetics. 2010. Vol. 42. P. 1053–1059. URL: https://www.nature.com/articles/ng.715

Torkamaneh D., Laroche J., Valliyodan B. et al. Soybean haplotype map (GmHapMap): A universal resource for soybean translational and functional genomics. bioRxiv 534578. 2019. doi: https//doi.org/10.1101/534578.

Molnar S.J., Rai S., Charette M., Cober E.R. Simple sequence repeat (SSR) markers linked to E1, E3, E4, and E7 maturity genes in soybean. Genome. 2003. Vol. 46. P. 1024–1036.

State register of plant varieties suitable for dissemination in Ukraine in 2017. Kyiv, 2017. 392 p. [in Ukrainian]

Promega technical manual. Gene print STR systems. Printed in USA. Revised. Vol. 7. 1999. 52 p.

MCLAB's DNA size standard. URL: http://www.mclab.com/DNA-Size-Standard.html

Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular Biology and Evolution. 2016. Vol. 33. P. 1870–1874.

Balvinska M.S., Volkova N.E., Kolesnik O.O., Solodenko A.Ye., Chebotar S.V. Differentiation, identification, determination of typology and hybridity of agricultural crops for DNA profiling: guidelines. Odesa: PBGI – NCSCI, 2015. 40 р. [in Ukrain-ian]

Rosenzweig V.E., Aksyonova E.A., Milash S.B., Goloenko D.V., Davydenko O.G. Prospects of exploiting of photoperiod sensitivity gene E7 in early soybean breeding and revealing of its sources with SSR-markers. Soybean Genetics Newsletter. 2008. Vol. 35 (online). URL: http://www.soygenetics.org/articleFiles/