Застосування високопропускного віртуального скринінгу в Грід для пошуку нових інгібіторів тубуліну фітопатогенних грибів

П. А. Карпов, О. М. Демчук, О. В. Раєвський, С. П. Ожерєдов, С. І. Співак, Д. О. Самофалова, Я. Б. Блюм

Анотація


Мета. Відібрати нові перспективні інгібітори тубуліну фітопатогенних грибів за допомогою високопропускного віртуального скринінгу в Грід. Методи. Моделювання просторової структури цільових білків (I-Tasser, Грід) і лігандів, створення і скринінг віртуальних бібліотек (UCSF Dock 6, Грід), молекулярний докінг (CCDC Gold), обрахунок молекулярної динаміки (Gromacs, Грід). Результати. Побудовано 240 3D‑моделей молекул тубуліну 82 α-, 111 β- і 47 γ-тубуліну, що належать 62-м видам фітопатогенних грибів. Встановлено, що похідні імідазолу мали найбільшу спорідненість з молекулами α- і β-тубуліну. Визначено, що серед ізотипів α-, β- і γ‑тубуліну фітопатогенних грибів найбільшою потенціальною мішенню фунгіцидів є сайт зв’язування таксолу молекул β-тубуліну. Відібрано 50 речовин-лідерів, що мають спорідненість із ГТФ/ГДФ-обмінним сайтом (23 сполуки) і сайтом зв’язування таксолу (27 сполук). Висновки. Визначено, що серед ізотипів α-, β- і γ-тубуліну фітопатогенних грибів найбільший потенціал має сайт зв’язування таксолу на поверхні молекул β‑тубуліну. Найбільша спорідненість була визначена для похідних імідазолу F0478‑0219, F0478-0166 і β-тубуліну Puccinia graminis f. sp. tritici, а також F0478-0385 і β‑тубуліну Magnaporthe oryzae.

Ключові слова: фітопатогенні гриби, фунгіциди, тубулін, віртуальний скринінг, Грід.


Повний текст:

PDF

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.