Оцінка структурних особливостей взаємодії глазіовіаніну А з α-, β- та γ тубулінами людини

П. А. Карпов, С. І. Співак, О. В. Раєвський, О. Ю. Нипорко, С. П. Ожерєдов, Я. Б. Блюм

Анотація


Мета. Визначення особливостей ліганд-білкової взаємодії глазіовіаніну А з молекулами α-, β- і γ-тубулінів людини. Методи. Моделювання просторової структури цільових білків
(I-Tasser) і лігандів, молекулярний докінг (CCDC Gold), обрахунок молекулярної динаміки (GROMACS). Результати. За допомогою програмного пакета CCDC Gold було виконано молекулярний докінг глазіовіаніну А у сайт ГТФ/ГДФ α-/β- і γ-тубуліну, а також у сайт зв’язування колхіцину. Отримані ліганд-білкові комплекси було досліджено із використанням молекулярної динаміки. Висновки. Показана здатність молекул тубуліну людини зв’язувати­ся з глазіовіаніном А, що дозволяє розглядати похідні цієї сполуки як перспективні ефектори тубуліну. Визначені показники енергій зв’язува­ння ліганду і мішені підтверджують значно більшу афінність до молекул β-тубуліну, а також висунуто припущення, що зв’язування глазіовіаніну А з β-тубуліном може здійснюватися за двома альтернативними сайтами: 1) ГТФ/ГДФ-обмінним сайтом та 2) сайтом зв’язування колхіцину.

Ключові слова: тубулін, зв’язування, глазіовіанін А, протипухлинна активність.


Повний текст:

PDF

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.