Короткий огляд прісноводних видів голих амеб роду Mayorella Schaeffer, 1926 (Amoebozoa; Discosea)
Анотація
Мета. Голі амеби широко поширені в водоймах та наземних біотопах. Цих організмів важко розмножувати в лабораторних умовах й ідентифікувати за морфологічними та генетичними ознаками. Тому метою роботи було виділити види голих амеб роду Mayorella з водойм України, встановити клональні культури, ідентифікувати на основі гену 18S рРНК та з’ясувати положення цих протистів на філогенетичному дереві Amoebozoa. Методи. Розмноження голих амеб на непоживному агар-агарі, встановлення клональних культур, сиквенування ДНК, філогенетичний аналіз. Результати. В прісних водоймах України зареєстровано 5 видів голих амеб роду Мayorella: Mayorella cantabrigiensis, Mayorella vespertilioides, Mayorella penardi, Mayorella viridis, Mayorella sp. На основі гену 18S рРНК підтверджена видова ідентифікація для Mayorella vespertilioides (OP739500) й Mayorella sp. (OP729930). На побудованому філогенетичному дереві Amoebozoa (на основі 20 послідовностей гену 18S рРНК різних видів голих амеб) представники роду Mayorella утворюють окрему групу в межах Discosea. Окрім того у кластері Discosea групуються види з рядів Vannellida, Dactylopodida, Thecamoebida. До складу Tubulinea входять види амеб із родів Amoeba, Chaos й Saccamoeba. Висновки. На основі сучасної світлової мікроскопії та сиквенування ДНК нами ідентифіковано 5 видів голих амеб роду Mayorella. Для двох видів встановлені клональні культури. На філогенетичному дереві Mayorella-подібні амеби групуються в межах молекулярного кластеру Discosea.
Посилання
Cavalier-Smith T. A revised six-kingdom system of life. Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society. 1998. Vol. 73. P. 203-266.
Cavalier-Smith T., Chao E., Oates B. Molecular phylogeny of Amoebozoa and the evolutionary significance of the unikont Phalansterium. European Journal of Protistology. 2004. Vol. 40. P. 21-48.
Cavalier-Smith T., Chao E. E., Lewis R. 187-gene Phylogeny of protozoan phylum Amoebozoa reveals a new class (Cutosea) of deep-branching, ultrastructurally unique, enveloped marine Lobosa and clarifies amoeba evolution. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2016. Vol. 99. P. 275-296. doi: 10.1016/j.ympev.2016.03.023
Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz С., Tamura К. MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Molecular Biology Evolution. 2018. Vol. 35 (6). P. 1547-1549. doi: 10.1093/molbev/msy096
Maniatis T., Fritsch E. F., Sambrook J. Molecular cloning, a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, 1982.
Medlin L., Elwood H. J., Stickel S., Sogin M. L. The characterization of enzymatically amplified eukaryotic 16S-like rRNA-coding regions. Gene. 1988. Vol. 71. P. 491-499. doi: 10.1016/0378-1119(88)90066-2
Page F. C. A new key to freshwater and soil gymnamoenae. Ambleside (Cumbria, UK): Freshwater Biological Association, 1988.
Page F. C., Siemensma F. J. Nackte Rhizopoda und Heliozoea (Protozoenfauna Band 2). Stuttgart, New York: Gustav Fischer Verlag, 1991. P. 3-170.
Patsyuk M. K. New finds of naked amoebae. Biosystems Diversity, 2022. № 30 (2). P. 157-162. doi: 10.15421/012216
Patsyuk M. Phylogenetic relationships among naked amoebae found in natural biotopes. Cytology and Genetics. 2023. Vol. 57 (6). P. 567-578. doi: 10.3103/s0095452723060063
Peglar M., Amaral-Zettler L., Anderson O., Nerad T., Nerad T. A., Gillevet P. M., Mullen T. E., Jr S. F., Silberman J. D., O'Kelly C. J., Sogin M. L. Two new small-subunit ribosomal RNA gene lineages within the subclass Gymnamoebia. Journal of Eukaryotic Microbiology. 2003. Vol. 50. P. 224–232. doi: 10.1111/j.1550-7408.2003.tb00122.x
Rogerson A., Patterson D. The Naked Ramicristate Amoebae (Gymnamoebae). An Illustrated Guide to the Protozoa / Editors: J.J. Lee, G.F. Leedale, P. Bradbury. 2002. P. 1023-1053.
Tekle Y. I., Grant J., Anderson O. R., Nerad T. A., Cole J. C., Patterson D. J., Katz L. A. Phylogenetic placement of diverse amoebae inferred from multigene analyses and assessment of clade stability within ‘Amoebozoa’ upon removal of varying rate classes of SSU-rDNA. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2008. Vol. 47. P. 339-352. doi: 10.1016/j.ympev.2007.11.015
