Вивчення взаємодії олігонуклеотидів з Д-маннітолом методом молекулярного докінгу

  • В. Щодрий Інститут молекулярної біології та генетики НАНУ, Україна, 03143, м. Київ, вул. Акад. Заболотного, 150
  • Д. Ложко Інститут молекулярної біології та генетики НАНУ, Україна, 03143, м. Київ, вул. Акад. Заболотного, 150
  • З. Ткачук Інститут молекулярної біології та генетики НАНУ, Україна, 03143, м. Київ, вул. Акад. Заболотного, 150
DOI: https://doi.org/10.7124/visnyk.utgis.15.1.714

Анотація

Мета. Комплекс олігорибонуклеотид з манітолом володіє специфічною противірусною активністю. Він пригнічує гемаглютинуючу та нейрамінідазну активність вірусів грипу та парагрипу, і таким чином блокує входження вірусів у клітину та його реплікацію. Так, в даний час, дослідження взаємодії цього комплексу є важливим завданням. Дослідження. взаємодії олігорибонуклеотидів та олігодезоксинуклеотидів з молекулою Д-манітолу. Методи. Моделювання молекулярної структури олігорибонуклеотидів і олігодезоксинуклеотидів були зроблені за допомогою програмного пакету «HyperChem». Програма AutoDock була використана для виконання молекулярного докінгу. Результати. Були розраховані енергії зв’язування між молекулою Дманітолу з олігорибонуклеотидами та олігодезоксинуклеотидами. Проведено аналіз відстаней між атомами олігонуклеотидів та молекули Д-маннітолу, котрі найбільш ймовірно вступають у взаємодію. Висновки. Результати молекулярного моделювання повинні дати більш детальну інформацію про природу взаємодії олігонуклеотидів з молекулою Д-манітолу.

Ключові слова: молекулярний докінг, олігонуклеотиди, Д-маннітол, енергія зв’язування.

Посилання

Sullenger B. A., Gilboa E. Emerging clinical applications of RNA. Nature. 2002. Vol. 418(6894). P. 252-258. doi: 10.1038/418252a

Burnett J.C., Rossi J.J. RNA-Based therapeurics: current progress and future prospects. Chem Biol. 2012. Vol. 19(1). P. 60-71. doi: 10.1016/j.chembiol.2011.12.008

Tkachuk Z. Multiantivirus compound, composition and method for treatment of virus disease. US patent 2014. May,13. No 8722642. B2. P. 61.

Vivcharyk M.M., Ilchenko O.O., Levchenko S.M., Tkachuk Z.Yu. Complexation of RNA with mannitol, its spectral characteristics and biological activity. Dopov. Nac. akad. nauk Ukr. 2016. No 10. P. 78-83. doi: 10.15407/dopovidi2016.10.078

Ye P., Byron T. Characterization of D-Mannitol by Thermal Analysis, FTIR, and RamanSpectroscopy. American Laboratory. 2008. Vol. 40(14). P. 24-27.

Maurin C., Bailly F., Cotelle P. Structure-activity relationships of HIV-1 integrase inhibitors enzyme-ligand interactions. Curr. Med. Chem. 2003. Vol. 10(18). P. 1795-1810.

Morris G. M., Huey, R., Lindstrom, W., Sanner, M. F., Belew, R. K., Goodsell, D. S., Olson, A. J. AutoDock 4 and AutoDockTools4: automated docking with selective receptor flexiblity. J. Comput. Chem. 2009. Vol. 30(16). P. 2785-2791. doi: 10.1002/jcc.21256

HyperChem(TM) Professional 7.51, Hypercube, Inc., 1115 NW 4th Street, Gainesville, Florida 32601, USA

Mustard D., Ritchie D.W. Docking essential dynamics eigenstructures. Proteins. 2005. Vol. 60(2). P. 269-274. doi: 10.1002/prot.20569