Нуклеотидні послідовності генів метионінових тРНК Streptomyces globisporus 1912-2, які визначені in silico

  • Л. В. Поліщук Інститут мікробіології і вірусології НАН України, Україна, 03680, Київ, вул. Академіка Заболотного, 154
DOI: https://doi.org/10.7124/visnyk.utgis.14.1.545

Анотація

Метою даної роботи була визначення нуклеотидних послідовностей транспортних метионінових РНК штаму S. globisporus 1912-2. Методи. Ресурси сервера NCBI (програми BLAST: blastx, discontiguous megablast та бази даних: “Genome” та “Nucleotide”) використано для аналізу in silico бібліотеки контигів S. grlobisporus 1912-2. Результати. Визначено in silico нуклеотидні послідовності 4 генів транспортних метионінових РНК S. globisporus 1912-2. Встановлено, що тРНКМет ген (контиг № 21 (936–1008 п.н.) і тРНКфМет гени (контиги № 299 (1713–1787 п.н.) та № 255 (5941–6015 п.н.)) кодують молекули тРНК II типу. Висновки. За використання аналізу in silico встановлено наявність 4 генів транспортних метионінових РНК в геномі S. globisporus 1912-2, два з яких кодують тРНКфМет. Визначено нуклеотидні послідовності всіх 4 генів тРНКМет.

Ключові слова: ген, тРНК, метионін, нуклеотидна послідовність, Streptomyces.

Посилання

Lehninger A. Principles of biochemistry. Vol. 3. Moskva: Mir, 1985. 367 p.

Gualerzi C.O., Pon C.L. Initiation of mRNA translation in bacteria: structural and dynamic aspects. Cell. Mol. Life. Sci. 2015, Vol. 72(22). P. 4341-4367. doi: 10.1007/s00018-015-2010-3

Kuchino Y., Yamamoto I., Nishimura S. Nucleotide sequence of Streptomyces griseus initiator tRNA. Nucleic. Acids. Res. 1982. Vol. 10(21). P. 6671-6684. doi: 10.1093/nar/10.21.6671

Gamulin V., Soll D. The initiator tRNA genes from Streptomyces rimosus. Nucleic. Acids. Res. 1987. Vol. 15(16). P. 6747. doi: 10.1093/nar/15.16.6747

Nakamoto U. Evolution and the universality of the mechanism of initiation of protein synthesis. Gene. 2009. Vol. 432(1-2). P. 1-6. doi: 10.1016/j.gene.2008.11.001

Samhita L., Shetty S., Varshney U. Unconventional initiator tRNAs sustain Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2012. Vol. 109(32). P. 13058-13063. doi: 10.1073/pnas.1207868109

Samhita L., Nanjundiah V., Varshney U. How many initiator tRNA genes do Escherichia coli need? J. Bacteriol. 2014. Vol. 196(14). P. 2607-2615. doi: 10.1128/JB.01620-14

Plohl M., Gamulin V. Five transfer RNA genes lacking CCA termini are clustered in the chromosome of Streptomyces rimosus. Mol. Gen. Genet. 1990. Vol. 222(1). P. 129-134. doi: 10.1007/BF00283033