Послідовність хромосоми Streptomyces globisporus 1912-2, гомологічна гену afsA S. griseus NBRC 13350
Анотація
Мета - виявити послідовність хромосоми Streptomyces globisporus 1912-2 гомологічної afsA-гену S. griseus NBRC 13350 та визначити in silico ступені подібності первинної будови визначеної послідовності і afsA-генів інших мікроорганізмів. Методи. Використовували ресурси сервера NCBI (BLAST: blastx, discontiguous megablast) для аналізу in silico бібліотеки контигів S. grlobisporus 1912-2 та Інтернет баз даних. Результати. Виявлено нуклеотидну послідовність S. globisporus 1912-2 (afsA-ген), що детермінує фермент AfsA, яка розташована на Contig 70 (5134 - 6078 п.н.). Встановлена значна гомологія (84 %) первинної будови аналогічних генів S. globisporus 1912-2 та S. griseus NBRC 13350. Тільки у семи штамів стрептоміцетів з 4 родів виявлено послідовності, гомологічні більш 80 % послідовності afsA-гену S. globisporus 1912-2 при ступені їх ідентичності більшої 75 %. Висновки. Встановлено наявність в хромосомі S. globisporus 1912-2 afsA-гену, що детермінує фермент (AfsA), який забезпечує синтез А-факторподібної речовини. Фермент AfsA S. globisporus 1912-2, має типову для ферментів Нot_dog-суперродини архітектуру: утворюються два "hotdog fold" домени з AfsA-родини.
Ключові слова: стрептоміцет, нуклеотидна послідовність, гомологія, ген, фермент.
Посилання
Хохлов A.C. Низкомолекулярные микробные ауторегуляторы. М.: Наука, 1988. 270 с.
Takano E. Gamma-butyrolactones: Streptomyces signalling molecules regulating antibiotic production and differentiation. Curr. Opin. Microbiol. 2006. Vol. 9(3). Р. 287–294. doi: 10.1016/j.mib.2006.04.003
Ефременкова О.В., Анисова Л.Н., Бартошевич Ю.Э. Регуляторы дифференциации актиномицетов (обзор). Антибиотики и медицинская біотехнологія. 1985. № 9. С. 687–707.
Ohnishi Y., Kameyama S., Onaka H., Horinouchi S. The A-factor regulatory cascade leading to streptomycin biosynthesis in Streptomyces griseus: identification of a target gene of the A-factor receptor. Mol. Microbiol. 1999. Vol. 34(1). P. 102–111. doi: 10.1046/j.1365-2958.1999.01579.x
Ohnishi Y., Seo J.W., Horinouchi S. Deprogrammed sporulation in Streptomyces. FEMS Microbiol Lett. 2002. Vol. 216(1). P. 1–7. doi: 10.1111/j.1574-6968.2002.tb11406.x
Kato J.Y., Funa N., Watanabe H., Ohnishi Y., Horinouchi S. Biosynthesis of gamma- butyrolactone autoregulators that switch on secondary metabolism and morphological development in Streptomyces. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2007. Vol. 104(7). P. 2378–2383. doi: 10.1073/pnas.0607472104
Ефременкова О.В., Грузина В.Д., Сумарокова И.П., Кузнецов В.Д. Поиск А–фактор–зависимых вариантов в популяциях актиномицетов. Микробиология. 2003. T. 72, № 6. C:766–769.
Ефременкова О.В., Анисова Л.Н., Камзолкина О.В., Дмитриева C.B., Горин С.Е., Бартошевич Ю.Э. Образование регуляторов типа А-фактора представителями рода Micromonospora. Антибиотики и медицинская биотехнология. 1987. Т. 32, № 9. С. 643–648.
Козлов Д.Г., Сойфер В.С., Маланичева И.А., Ефременкова О.В. Поиск предшественников биосинтеза регуляторов группы А-фактора – эндогенных регуляторов развития актиномицетов. Микробиология. 2008. T. 77. № 5. C. 716–719.
Анисова Л.H., Блинова И.Н., Ефременкова О.В., Козьмин Ю.П., Оноприенко В.В., Смирнова Г.Н., Хохлов А.С. Регуляторы развития Streptomyces coelicolor А3(2). Изв. АН СССР. Сер. Биол. 1984. С. 98–108.
Анисова Л.Н., Блинова И.Н., Ефременкова О.В., Смирнова Г.Н., Хохлов А.С. Регуляторы дифференцировки Streptomyces cyaneofuscatus. Микробиология. 1984. Т. 53. С. 890–895.
Табаков В.Ю., Воейкова Т.А. Элементы систем регуляции биосинтеза антибиотиков у Streptomyces. Генетика. 1997. T. 33, № 1. С. 1461–1477.
Мацелюх Б. П., Тимошенко С. Г., Бамбура О. І., Копейко О. П. Пошук і характеристика регуляторів біосинтезу ландоміцину Е у Streptomyces globisporus. Мікробіол. журн. 2011. Т. 73, № 5. С. 16–20.
