Убіквітин специфічна протеаза 1 (USP1) – потенційний партнер Bcr-Abl онкобілку: біоінформатичний аналіз та отримання рекомбінантних конструкцій

  • С. В. Антоненко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150
  • І. В. Кравчук Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150
  • Д. С. Гур'янов Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150
  • Г. Д. Телегєєв Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Україна, 03680, м. Київ, вул. Академіка Заболотного, 150

Анотація

Мета. Результатом реципрокної транслокації між 9 та 22 хромосомами є гібридний онкобілок Bcr-Abl, який спричиняє розвиток хронічної мієлоїдної лейкемії (ХМЛ). За результатами мас-спектрометричного аналізу білок USP1 був визначений як потенційний кандидат на взаємодію з онкобілком Bcr-Abl. Метою даної роботи був біоінформатичний аналіз білка USP1, як потенційного партнера білка Bcr-Abl, та створення генетичних конструкцій, необхідних для визначення локалізації білка USP1 в клітині, перевірки білок-білкових взаємодій білка USP1 та деубіквітинування онкобілка Bcr-Abl. Методи. Біоінформатичний аналіз за допомогою веб-серверів Estimation of protein Expression and Solubility, NetPhos2.0 Server, Disphos and KinasePhos, ПЛР, лігування, рестрикція, методи виділення та очищення ДНК. Результати. Передбачили загальний відсоток розчинності білка USP1, який складає близько 68 %, консервативні та невпорядковані області білка USP,  його вторинну структуру. Зпрогнозували Ser, Thr, Tyr сайти фосфорилювання білка USP1. Отримали генетичні конструкції pUC18-USP1, pECFP-C3-USP1, pCMV-HA-USP1. Висновки. Розчинність білка у 68 % є хорошим прогностичним результатом для роботи з ним. Наявність сайтів фосфорилювання (Ser, Thr, Tyr) підтверджує можливість зміни активності білка USP1 за рахунок онкобілка Bcr-Abl. Генетична контрукція pECFP-C3-USP1 дає можливість визначити локалізацію білка USP1 в еукаріотичній клітині. Вектор pCMV-HA-USP1 є базою для встановлення білок-білкових взаємодій USP1 та Bcr-Abl, перевірки деубіквітинування онкобілка Bcr-Abl.

Ключові слова: Хронічна мієлоїдна лейкемія (ХМЛ), філадельфійська хромосома, білок Bcr-Abl, білок USP1, деубіквітинування, фосфорилювання.