ETR-VNTR та групоспецифічне SNP-типування штамів Mycobacterium tuberculosis, що циркулюють у м. Києві

  • Ю. О. Чередник ДУ «Національний інститут фтизіатрії і пульмонології імені Ф.Г. Яновського НАМН України» Україна, 03680, Київ-680, вул. М. Амосова, 10
  • О. В. Анопрієнко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Україна, 03143, Київ-143, вул. Заболотного, 150
  • Н. Г. Горовенко Національна медична академія післядипломної освіти імені П.Л. Шупика МОЗ України Україна, 03112, м. Київ, вул. Дорогожицька, 9
  • Ю. І. Фещенко ДУ «Національний інститут фтизіатрії і пульмонології імені Ф.Г. Яновського НАМН України» Україна, 03680, Київ-680, вул. М. Амосова, 10

Анотація

Мета. Визначити генетичні профілі штамів Mycobacterium tuberculosis (МБТ), які циркулюють у м. Києві, за допомогою VNTR-типування (Varied Number of Tandem Repeats – типування варіабельних за кількістю тандемних повторів), SNP-типування (Singe Nucleotide Polymorphism – поліморфізм поодиноких нуклеотидів)та делеційного аналізу, і оцінити ефективність обраної комплексної стратегії генотипування. Методи. 120 ізолятів від хворих на туберкульоз легень м. Києва охарактеризовано за допомогою ПЛР-методів типування: ETR-VNTR (за локусами ETR (Exact Tandem Repeats) A, B, C, D, E), SNP-типування групоспецифічних SNP katG463та gyrA95 за допомогою ПДРФ-аналізу (Поліморфізму Довжин Рестрикційних Фрагментів) та делеційного ПЛР-аналізу (делеція TbD1). Результати. Виявлено найрозповсюдженіші генетичні варіанти МБТ, які відповідають родинам першої «принципової генотипової групи» (ПГГ-1) Beijing (42435) та ПГГ-2 LAM (22232). У популяції 56,7% становили штами ПГГ-1, 29,2 % – ПГГ-2 і 14,2 % – ПГГ-3. 92,6 % штамів, що належать до ПГГ-1, становили штами родини Beijing. Групоспецифічне SNP-типування дещо підвищує дискримінаційну здатність VNTR-типування на основі 5 ETR локусів. Висновки. Генотипування на основі SNP- і VNTR-типування адекватніше відображає еволюційну спорідненість штамів МБТ ніж VNTR-типування на основі ETR та MIRU і потребує подальшої оптимізації для підвищення дискримінаційної здатності методу.

Ключові слова: Mycobacterium tuberculosis complex, генотипування, ETR-VNTR, SNP- типування.

Біографія автора

О. В. Анопрієнко, Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Україна, 03143, Київ-143, вул. Заболотного, 150